Nýlega voru settar upp sérstakar veðurstöðvar á þremur stöðum á Fossavatnsleiðinni sem gefa hitastig, vindstyrk, vindátt og loftþrýsting.
Þessar stöðvar eru Heiðin (í 50 km er það eftir 8 og 33 km, í 25 km göngu er það eftir 8 km), Nónvatn (í 50 km eftir 20 og 26 km) og Miðfellsháls (í 50 km er það eftir 42 km, í 25 km göngu eftir 17 km).
Þau allra hörðustu geta sótt Windy-appið og bætt stöðvunum við sem eftirlæti, og fengið þannig þægilegan aðgang að stöðvunum í símanum.
Þessar stöðvar bætast við veðurstöð sem Veðurstofa Íslands rekur á Seljalandsdal, en svo má einnig skoða Þverfjall, þó það sé talsvert hærra og meira áveðurs en brautin í Fossavatnsgöngunni.
